乙女ゲーム『時は巻き戻る』にどハマりしていた佐野杏菜は倒れてきた大時計の下敷きになって死に、目が覚めるとゲームの主人公、ハンナ・ロイドになっていた。ハンナはさっそく見た目がとても好きだったキャラクター、司書の元に向かう。司書は名前がまだ明かされていないキャラクターで勝手に「司書のシーくん」と呼んでいた。ゲームでは一年を通して学園生活を送り、長期休暇に入る前の日に告白イベントが発生する。そこで結ばれる二人だがゲームは終わらない。一度エンディングが流れるとタイムリープしたかのようにまた最初からゲームが始まる。主人公は長い夢を見ていたような既視感があるので攻略はやりやすくなるが一周目より攻略キャラは増えている。ハンナは三周目を行なっている最中であり、その時はまだ司書は攻略キャラに入っていなかった。次の年には司書も攻略できるのではと燃えている最中に死んでしまったためにいきなり図書館に押しかけ司書に猛アタックするが最初は怖がられる。そのことを反省して少しずつ距離を詰めていく。司書は図書館に行くたびに姿が変わるキャラクター。少年のような見た目の時もあれば明らかに年上の時も同い年に見える時もある。ゲームの中ではそもそもそっくりな別人で図書館を運営しているという噂もされているがハンナは同一人物であると確信していた。せっかく会えたのだからと尋ねるも答えてもらえない。好きな人の近くに居られることに浮かれている間にあっという間に一年が過ぎる。ゲーム通りまた最初の日に戻るのだろうかと思いながら図書館に向かうと司書が幼い姿のまま膝を抱えて丸くなっていた。この世界は崩壊の危機に見舞われていてこの学園は崩壊を止めるために有望な生徒が集められていると説明される。崩壊を止める生徒が育たない場合時間が一年遡りまた生徒を育て始める。時間は図書館にある世界時計によって巻き戻り、司書だけは何度遡っても記憶が消えない。代償として体が安定せず、毎日違う歳になってしまう。崩壊を止めるのは難しくもう何百回も繰り返していてそれが怖いのだと語る司書にハンナは自分は忘れないからと語る。司書は諦めていたがハンナが本当にもう一度記憶を持って会いに来たことから希望を抱くようになる。世界の秘密が隠されている図書館で二人は少しずつ世界を救う方法を見つけていく。世界の崩壊を救い、ハンナは二年生になり、司書の本当の名前を知る。