『この真更のノートに記されるのは、学園という名の閉鎖空間を生きる少年少女の戦いの記録である。』 運動神経も学力も平均的な少年、東雲ユウヤ。 そんな東雲が何となくで入学したのは、私立ナイトメア学園だった。 全寮制という条件だけでそこを選んだ東雲にある日、｢ヒーロー部｣と書かれた勧誘の手紙が届くのだがーー

俺、坂城 拓磨の祖母は、俺が産まれるずっと前に亡くなった。 久しぶりの墓参り、霊園で出会ったのは、どこか不思議な雰囲気に包まれた『アヤカ』と名乗る少女だった。 そして、俺が彼女と出逢った時から、少し不思議で理不尽な日常が幕を開けるのだった。